科学合理、因地制宜地开展村庄“定型”,是实施分类指导的必要前提。在各地灵活丰富的村庄分类里,介入自然聚落尺度是近期兴起的创新来源。文章以西藏自治区山南市乃东区为例,将传统单纯围绕行政村展开的村庄分类流程,扩展为由自然聚落与行政村尺度共同构成的“双层级”村庄分类技术框架。研究认为,行政村内自然聚落间的强烈异质性及聚落发展的实心化,是应用“双层级”村庄分类理论模型的重要条件。研究提出,“双层级”村庄分类方法由“政策判定+ 潜力评估 + 镇村酝酿”的自然聚落分类方法、“占比测算 + 矩阵构建 + 系统聚类”的自然聚落→行政村类型转换方法、二次镇村酝酿基础上的行政村分类方案生成方法等共同组成,具体的分类流程需落实聚落定性、聚落测评、聚落分类、类型转换、行政村分类等 5 项主要环节。理论模型在山南市乃东区国土空间规划中得到了实际应用,识别出 5 类自然聚落,制定了主导式与并重式的两种行政村类型认定规则,提出了“融保聚改”的四类型行政村分类方案。分类过程及工作成果得到地方积极正面反馈,验证了“双层级”方法的有效性。该研究旨在丰富市县国土空间规划的村庄分类布局思路。